Następnie rozpoczął służbę w sztabie 3. Flotylli Okrętów na stanowisku Szefa Wydziału Operacyjnego Zarządu N-3, z którego w 2006 roku został skierowany na Podyplomowe Studia Operacyjno – Strategiczne na Akademii Obrony Narodowej. Po ich ukończeniu, w 2007 roku objął dowództwo dywizjonu Okrętów Podwodnych, którym dowodził przez kolejne trzy lata. W 2010 roku komandor Ogrodnik rozpoczął służbę w strukturach NATO poza granicami kraju na stanowisku szefa Oddziału Planowania Ćwiczeń – zastępcy szefa Zarządu Ćwiczeń Połączonych w Joint Warfare Centre w Stavanger w Norwegii.

Po powrocie do Polski, w roku 2013 został szefem Oddziału Oficerów Flagowych w Dowództwie Marynarki Wojennej, a po zmianie systemu dowodzenia i kierowania Siłami Zbrojnymi RP objął stanowisko szefa Oddziału Ratownictwa w Inspektorce Marynarki Wojennej. Od dnia 5 listopada 2018 roku komandor Andrzej Ogrodnik jest zastępcą dowódcy Centrum Operacji Morskich – zastępcą dowódcy Komponentu Morskiego.

Komandor Andrzej Ogrodnik został odznaczony między innymi: złotym medalem "Za Zasługi dla Obronności Kraju", złotym medalem "Siły Zbrojne w Służbie Ojczyzny" oraz "Medalem Srebrnym za Długoletnią Służbę", a także "Gwiazdą Morza Śródziemnego". Otrzymał również amerykański medal "Meritoriuous Service Medal" nadany przez Prezydenta USA.