komandor Lech KOŁODZIEJSKI (2002 – 2003)
komandor Sławomir TKACZYK (2003 – 2004)
kontradmirał Adam MAZUREK (2004 – 2006)
cz.p.o. komandor Waldemar MODZELEWSKI (2006)
kontradmirał Jerzy PATZ (2006 – 2008)
kontradmirał Jarosław ZIEMIAŃSKI (2008 – 2009)
komandor Waldemar MODZELEWSKI (2010 – 2013) – połączone stanowisko zastępcy dowódcy z szefem sztabu
kontradmirał Krzysztof TERYFTER (2014 – 2018)
komandor Andrzej OGRODNIK (od 2018)