komandor Lech KOŁODZIEJSKI (2002 – 2003)

komandor Sławomir TKACZYK (2003 – 2004)

kontradmirał Adam MAZUREK (2004 – 2006)

cz.p.o. komandor Waldemar MODZELEWSKI (2006)

kontradmirał Jerzy PATZ (2006 – 2008)

kontradmirał Jarosław ZIEMIAŃSKI (2008 – 2009)

komandor Waldemar MODZELEWSKI (2010 – 2013) – połączone stanowisko zastępcy dowódcy z szefem sztabu

kontradmirał Krzysztof TERYFTER (2014 – 2018)

komandor Andrzej OGRODNIK (od 2018)